Vị trí địa lý và điều kiện tự nhiên và địa hình, địa thế ảnh hưởng rất lớn đến thoát nước tự chảy của các đô thị. Bên cạnh đó, hệ thốngrãnh thoát nước, đường cống đô thị cũng chịu tác động mật thiết bởi chế độ thuỷ văn của hệ thống sông, hồ. Sự phân bố không đều về lượng mưa, độ ẩm, độ bức xạ hay các cơn bão cũng sẽ ảnh hưởng rất lớn đến thoát nước và chất lượng môi trường nước trong các đô thị. Những năm gần đây, việc đầu tư vào hệ thống thoát nước đô thị được cải thiện đáng kể.

Hiện nay, hệ thống thoát nước phổ biến nhất ở các đô thị của Việt Nam là hệ thống thoát nước chung mà đa số được xây dựng cách đây khoảng 100 năm, chủ yếu để thoát nước mưa, không thường xuyên sửa chữa, bảo dưỡng nên xuống cấp nhanh chóng. Tuy nhiên những hệ thống mương cáp bê tông, các đường ống cống…cũ kĩ này lại chỉ được sửa chữa chắp vá, không theo quy hoạch lâu dài, không đáp ứng được yêu cầu phát triển đô thị.

Theo đánh giá của các công ty thoát nước, công ty môi trường đô thị tại các địa phương và các công ty tư vấn, thì có trên 50% các tuyến cống đã bị hư hỏng nghiêm trọng cần phải sửa chữa, 30% các tuyến cống đã xuống cấp, chỉ khoảng 20% vừa được xây dựng là còn tốt.

Việ sử dụng chủ yếu là kênh rạch tự nhiên, nền và thành bằng đất do vậy thường không ổn định. Các ống cống bê tông hoặc xây bằng gạch có tiết diện thường là hình tròn, hình chữ nhật, hoặc hình trứng. Ngoài ra tại các đô thị tồn tại nhiều mương đậy nắp đan hoặc mương hở, các mương này thường có kích thước nhỏ, có nhiệm vụ thu nước mưa và nước bẩn ở các cụm dân cư. Các hố ga thu nước mưa và các giếng thăm trên mạng lưới bị hư hỏng nhiều ít được quan tâm sửa chữa gây khó khăn cho công tác quản lý

Trong khu vực đô thị và khu công nghiệp tính đến đầu năm 2005, mỗi ngày có khoảng 3.110.000 m³ nước thải sinh hoạt và nước thải sản xuất từ các khu công nghiệp xả trực tiếp vào nguồn tiếp nhận.

Trên tổng số 76 khu công nghiệp và chế xuất chỉ có 16 trạm xử lý nước thải tập trung, hoạt động với tổng công suất là 41.800 m³/ ngày đêm. Công nghệ chủ yếu là sinh học hoặc hoá học kết hợp với sinh học.

Hệ thống cống thoát nước và xử lý nước thải ở Việt Nam cần được tiến hành qui hoạch và xây dựng cải tạo đầy đủ và đồng thời với qui hoạch phát triển đô thị. Việc xử lý nước thải chưa đáp ứng yêu cầu bảo vệ môi trường nguồn tiếp nhận, cần được nghiên cứu và tăng cường về đầu tư xây dựng.